在海上通航方面，自1988年起，台湾商船直接绕道运送两岸间的交易货品，大陆方面给予台湾船只优惠待遇，连续赞同台湾船公司在大陆树立独资及合营公司、航运代表处。1997年，福州、厦门至高雄间的海上试点直航发动，完毕了两岸48年来商船不能直接通航的前史。次年，两岸定时集装箱班轮航线注册，运送两岸货品的船只经第三地换单不换船飞翔两岸港口。2001年，金门、马祖与福建沿海地区的海上客、货运航线注册。

  在空中通航方面，1989年起，两岸民航业界连续开办了“一票究竟”“行李直挂”等协作事务。2003年起，两岸空中通航不断获得打破，从台湾航空公司单独履行“新年包机”到两岸航空公司双向、对飞履行“新年包机”，从航机须经停港澳到只须绕经香港飞翔情报区，从“新年包机”到“节日包机”“周末包机”。

  2005年4月29日，我国在北京会晤来访的我国主席连战，并发表谈判新闻公报。这是六十年来国共两党首要领导人初次谈判。两边提出，促进两岸打开全面的经济协作，树立亲近的经贸协作伙伴关系，包含全面、直接、双向“三通”，敞开海空直航，加强出资与交易的来往与保证，并促进康复两岸洽谈后优先评论两岸共同市场问题。

  2008年11月4日，海协会会长陈云林初次拜访台湾，并与海基会董事长江丙坤在台北签署四项协议，内容触及两岸空运、海运、邮政与两岸食品安全。两边赞同注册台湾海峡北线空中双向直达航路，敞开多个货运包机航点和常态化客运包机航点。两边赞同两岸本钱并在两岸挂号的船只，经许可得从事两岸间客货直接运送，敞开包含数十个港口。两边赞同开办两岸直接往常和挂号信件、小包、包裹、方便邮件、邮政汇兑等事务，共设13封发局，赞同经过空运或海运直航方法将邮件总包运送至对方邮件处理中心。